Menurut PMA Nomor 19 tahun 2019, Tugas dan Fungsi Pendidikan Madrasah Tingkat Kabupaten Kota :
Tugas :
Melaksanakan pelayanan, bimbingan teknis, pembinaan, pengelolaan data dan informasi, serta penyusunan rencana dan pelaporan di bidang Raudhatul Athfal (RA), Madrasah Ibtidaiyah (MI), Madrasah Tsanawiyah (MTs), dan Madrasah Aliyah (MA).
Fungsi :
Untuk melaksanakan tugas pokok di atas, Seksi Pendidikan Madrasah menyelenggarakan fungsi-fungsi berikut:
1. Penyusunan Rencana Program: Menyusun bahan rencana strategis, program kerja, anggaran, dan pelaporan berkala mengenai penyelenggaraan pendidikan madrasah di lingkup kabupaten/kota.
2. Pelayanan Administrasi Kelembagaan: Mengelola proses perizinan operasional madrasah swasta, penataan kelembagaan, serta rekomendasi kerja sama pendidikan.
3. Bimbingan Teknis Kurikulum: Memfasilitasi dan mengawasi pelaksanaan kurikulum nasional, bahan ajar, serta sistem evaluasi pembelajaran (seperti ujian akhir madrasah).
4. Pembinaan Kesiswaan & Bakat: Melaksanakan pembinaan potensi, kompetensi, prestasi akademik, serta kegiatan ekstrakurikuler siswa madrasah (contoh: ajang KSM atau AKSIOMA).
5. Pengembangan Sarana Prasarana: Melakukan verifikasi, pemantauan, dan standardisasi pemenuhan sarana fisik prasarana ruang kelas, laboratorium, dan fasilitas penunjang madrasah.
6. Fasilitasi Guru & Tenaga Kependidikan: Mengelola administrasi ketenagaan, termasuk pengusulan sertifikasi guru, penilaian kinerja guru/pengawas, pembinaan kompetensi, serta pengusulan tunjangan insentif dan profesi guru.
7. Pengelolaan Sistem Informasi (EMIS): Melakukan pemutakhiran, sinkronisasi, dan validasi basis data komprehensif madrasah melalui aplikasi Education Management Information System (EMIS) tingkat daerah.
8. Pengawasan & Distribusi Bantuan: Mengoordinasikan penyaluran, pemantauan mutu penggunaan, dan evaluasi laporan pertanggungjawaban dana bantuan pemerintah seperti Bantuan Operasional Sekolah (BOS) dan Program Indonesia Pintar (PIP) madrasah.